2007年8月，经国家人事部和全国博士后管理委员会批准，福建师范大学设立马克思主义理论博士后科研流动站，挂靠马克思主义学院。流动站所属马克思主义理论学科是学校传统特色学科，办学历史悠久，教学成果丰硕，社会影响广泛，被誉为“南方坚持马克思主义的重要阵地”；所在学院2017年3月被中宣部、教育部评为全国重点马克思主义学院；2017年12月28日，马克思主义理论学科进入A-档学科行列，是福建省唯一进入该档次的马克思主义理论学科。2018年3月进入福建省一流学科高峰学科A类行列。2018年9月，入选首批全国党建工作标杆院系培育创建单位。 

近年来，流动站所在学科学科坚持科研创新引领，形成国家治理现代化、红色文化、生态文明、高校思想政治教育等特色研究方向，产出一批颇具影响力的高水平研究成果。2011年以来，共获得各类科研项目368项，近五年主持国家社科基金项目29项；在CSSCI级别以上学术刊物及重要报刊发表文章500余篇；获教育部高校科研优秀成果（人文社会科学）奖项等省部级奖励51项；累计被各级领导批示和有关部门采纳的决策咨询报告共140余篇（次），其中获正国级中央领导人批示8篇；获批全国高校思想政治工作队伍培训研修中心、全国高校思想政治理论课教师研修基地、福建省当代马克思主义研究中心、福建省高校人文社科研究基地等10个省部级教学、科研平台。